Tema central: tecnologias de sequenciamento capazes de detectar modificações de nucleotídeos (ex.: citosinas metiladas, 5mC) durante o sequenciamento, sem tratamento químico prévio.

Alternativa correta: D — Oxford Nanopore

Justificativa: O nanopore sequencing mede variações de corrente iônica quando uma molécula de DNA passa por um poro proteico. Essas variações refletem não só a sequência de bases, mas também alterações químicas como 5mC e 5hmC, permitindo detecção direta de metilações em DNA nativo (sem bisulfito). Esse é um diferencial relevante em pesquisa translacional, oncologia veterinária e medicina comparada, onde perfis epigenéticos auxiliam no diagnóstico e prognóstico de neoplasias e doenças do desenvolvimento (Ver: Logsdon et al., Nat Rev Genet 2020; Simpson et al., Nat Methods 2017).

Estratégia de prova: Ao ler “durante o sequenciamento” e “detectar modificações de nucleotídeos”, pense em plataformas que medem um sinal físico sensível à química da base (Nanopore; e também SMRT/PacBio, não listada). Tecnologias baseadas em síntese/ligação geralmente não detectam metilação diretamente e requerem bisulfito ou enriquecimento.

Análise das incorretas:

A — Illumina: Sequenciamento por síntese com fluoróforos e terminadores reversíveis. Detecta a base incorporada, mas não distingue modificações químicas nativamente. Para metilação, exige bisulfito (converte C não metilada em U), seguido de mapeamento. Ótima para coberturas altas, porém sem detecção direta de 5mC.

B — SOLiD: Baseado em ligation com sondas marcadas e leitura em espaço de cores. Alta acurácia, porém a química de detecção não captura diferenças de corrente/tempo associadas a modificações. Não detecta metilação diretamente; também requer abordagens como bisulfito.

C — Ion Torrent: Sequenciamento por síntese com detecção de variação de pH (liberação de H+). O sinal reflete apenas a incorporação de nucleotídeos, sem sensibilidade a modificações como 5mC. Para metilação, igualmente depende de bisulfito.

E — Sanger: Método de terminação por dideoxinucleotídeos. É o padrão-ouro histórico para verificação de variantes, porém não diferencia quimicamente bases modificadas. Não há detecção direta de metilações sem protocolos adicionais.

Aplicação clínica/veterinária: Perfis de metilação auxiliam no estudo de tumores (ex.: classificações epigenéticas), imprinting e resposta a infecções em animais. Revisões de epigenética em oncologia (UpToDate; Nat Rev Genet 2020) sustentam a relevância da detecção direta para mapear 5mC em genomas complexos.

Pegadinha: “Detectar metilação” poderia induzir a pensar em Illumina com bisulfito. O detalhe-chave é a expressão “durante o sequenciamento” → aponta para detecção direta (Nanopore).

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A tecnologia de nanoporo, como a desenvolvida pela Oxford Nanopore Technologies, permite a leitura direta de moléculas de DNA ou RNA, e é capaz de detectar modificações epigenéticas (como metilação de citosinas) sem necessidade de tratamento prévio. Isso é possível porque as modificações alteram o sinal elétrico gerado quando os nucleotídeos passam pelo poro, o que pode ser identificado e interpretado por softwares de análise.