Microarranjos habitualmente apresentam maior sensibilidade que a técnica de amplificação multiplex de sondas dependente de ligação (MLPA) para a detecção de variantes estruturais pequenas (≤1 kb), deleções e duplicações exônicas, em regiões-alvo específicas com kit de MLPA disponível. 

Microarranjos permitem análise simultânea de milhares de alvos, mas dependem de sequências previamente conhecidas.

Microarranjos substituíram o cariótipo convencional em todas as indicações clínicas. 

Microarranjos não são úteis para estudos de expressão gênica. 

Microarranjos são indicados principalmente para detecção de mutações pontuais raras.