O Poder Executivo deve estabelecer o grau necessário de independência de que deve gozar a EFS e garantir a proteção adequada contra qualquer interferência sobre a referida independência e(ou) o mandato de auditoria da EFS.

As normas de auditoria, às quais as EFSs devem obediência, podem ser divididas em dois grandes grupos: as que contemplam os requisitos da auditoria do setor público no nível operacional e as normas que visam regulamentar a formatação dos trabalhos de auditoria.

Qualquer que seja o normativo vigente e qualquer que seja a natureza das disposições adotadas, às EFSs cabe, fundamentalmente, fomentar e fazer respeitar a obrigação da prestação de contas no setor público.

Segundo a Declaração de Lima, a EFS poderá atuar como um agente do parlamento, fazendo auditorias segundo as instruções dessa casa legislativa, em posição de entidade auxiliar ou consultora, mas, nesse caso, para assegurar sua independência e autonomia, as matérias de que ela tratar deverão ser submetidas ao seu pleno para decisão por escrutínio nominal.

As EFSs devem cumprir as normas de auditoria da INTOSAI em todas as questões consideradas relevantes; como consequência, as normas de auditoria da INTOSAI, exceto qualquer outra norma de auditoria alheia à própria EFS, são de aplicação obrigatória  para as EFSs, inclusive para o seu pessoal.