É o compromisso entre os gestores do SUS em torno de prioridades que apresentam impacto sobre a situação de saúde da população brasileira.

A definição de prioridades deve ser estabelecida através de metas nacionais, estaduais, regionais ou municipais. Prioridades estaduais ou regionais podem ser agregadas às prioridades nacionais, conforme pactuação local. 

Os estados/região/município devem pactuar as ações necessárias para o alcance das metas e dos objetivos propostos.

São cinco as prioridades pactuadas (saúde do idoso; controle do câncer de colo de útero e de mama; redução da mortalidade infantil e materna; fortalecimento da capacidade de respostas às doenças emergentes e endemias, com ênfase na dengue, hanseníase, tuberculose, malária e influenza e promoção da saúde).