A infecção por Hepatite C e Hepatite B não são fator de risco para desenvolvimento de colangiocarcinoma. 

Os colangiocarcinomas podem apresentar alterações genéticas. A localização da frequência de aparecimento das mutações varia de acordo com a localização do tumor, sendo, por exemplo, mutações do gene HER2, mais frequente nos tumores de vesícula biliar e fusões de FGFR mais comuns em colangiocarcinomas distais. 

Nos colangiocarcinomas intrahepáticos a icterícia é geramente um sintoma precoce, presente na maioria das vezes na doença inicial, enquanto nos tumores hilares e distais ela ocorre de forma tardia indicando doença avançada. 

A infecção por Opisthorchis viverrini e Clonorchis sinensis, vermes parasitas do fígado frequentes no sudeste Asiático, está associada ao aumento do risco de desenvolvimento de colangiocarcinoma. 

O diagnóstico diferencial entre CHC e colangiocarcinoma nunca consegue ser elucidado pela imunohistoquimica, visto que ambos expressam CEA e CA19-9.