Para a realização de qualquer procedimento endoscópico, que envolva sedação profunda ou anestesia não tópica, são necessários: I - um profissional legalmente habilitado para a realização do procedimento endoscópico; II - um profissional legalmente habilitado para promover a sedação profunda ou anestesia; e III - um profissional legalmente habilitado para monitorar o paciente durante todo o procedimento até que o paciente reúna condições para ser transferido para a sala de recuperação. 

Caso o serviço de endoscopia utilize no processamento produtos químicos para desinfecção de alto nível, independente da classificação do tipo de serviço, a limpeza e desinfecção devem ser realizadas obrigatoriamente na sala de procedimento.

 É obrigatório somente aos serviços de endoscopia tipo III possuirem: I - registro diário dos procedimentos endoscópicos realizados, contendo data e horário do exame, nome do paciente, data de nascimento, sexo, procedimento realizado, nome do profissional que executou o procedimento e identificação do equipamento; II - registro de intercorrências e eventos adversos, contendo data e horário do exame, nome do paciente, data de nascimento, sexo, identificação do equipamento, procedimento realizado, profissional que executou o procedimento e tipo de intercorrência ou evento adverso, além das medidas de suporte prestadas ao paciente; III - registro de controle das substâncias e medicamentos sujeitos a controle especial (entorpecentes e psicotrópicos) utilizados durante o procedimento endoscópico; de acordo com as normas específicas vigentes; e IV - registro de acidentes ocupacionais.

De acordo com a RDC n.º 07/2010, a Comissão de Controle de Infecção Hospitalar (CCIH) deve estruturar uma metodologia de busca ativa das infecções relacionadas a dispositivos invasivos, dos microrganismos multirresistentes e outros microrganismos de importância clínico-epidemiológica, além de identificação precoce de surtos, nas Unidades de Terapia Intensivas.

O serviço de endoscopia não poderá utilizar, para esterilização de acessórios críticos e outros produtos para a saúde, o centro de material e esterilização do serviço de saúde no qual está fisicamente inserido.