A dor geralmente varia de intensidade durante o ciclo menstrual, ficando mais forte antes e durante a menstruação. É possível que ocorram irregularidades menstruais, tais como sangramento menstrual intenso e manchas antes da menstruação.

O tecido endometrial ectópico reage aos mesmos hormônios – estrogênio e progesterona (produzidos pelos ovários) – assim como o tecido endometrial normal no útero. Consequentemente, o tecido ectópico pode sangrar durante a menstruação e causar inflamação. O tecido endometrial ectópico com frequência causa cólicas e dor.

A gravidade dos sintomas da endometriose depende da quantidade de tecido endometrial ectópico. Algumas mulheres com alto volume de tecido ectópico apresentam os sintomas. Em muitas mulheres, a endometriose não causa dor até anos depois de a doença ter começado a se desenvolver. Para algumas mulheres, a relação sexual tende a ser dolorosa, antes ou durante a menstruação. 

O tecido endometrial ectópico e seu sangramento podem causar irritação nos tecidos próximos a ele. Assim, pode haver a formação de tecidos cicatriciais, às vezes na forma de faixas de tecido fibroso (adesões) entre as estruturas abdominais. O tecido endometrial ectópico e as adesões podem interferir no funcionamento dos órgãos. Raramente, as aderências chegam a bloquear o intestino. 

Durante a gestação, é possível que a endometriose fique temporariamente ou, às vezes, permanentemente inativa (entrar em remissão). A endometriose tende a ficar inativa após a menopausa, já que tanto a concentração de estrogênio como de progesterona diminuem.