O Conselho de Disciplina aplica-se exclusivamente aos oficiais, podendo ser instaurado apenas a pedido do interessado, enquanto o Conselho de Justificação destina-se às praças, sempre instaurado de ofício.

A condenação por crime doloso com pena restritiva de liberdade superior a 2 (dois) anos constitui hipótese de submissão tanto ao Conselho de Disciplina quanto ao Conselho de Justificação.

A submissão ao Conselho de Disciplina ocorre apenas quando houver condenação criminal transitada em julgado, não sendo admitida acusação por meio lícito de comunicação social.

O oficial e a praça que pertença a partido político ou associação, suspensos ou dissolvidos por força de lei ou decisão judicial, pode ser submetido, respectivamente, a Conselho de Justificação e a Conselho de Disciplina. 

Os fatos que ensejam a instauração de Conselho de Justificação ou de Conselho de Disciplina prescrevem em 6 (seis) anos, contados da data do conhecimento do fato pela Administração Militar, admitida a interrupção do prazo pela abertura de sindicância ou processo administrativo.