A Gengivite Crônica é caracterizada por uma infecção específica por bactérias do complexo vermelho de Socransky, enquanto a GUN é uma inflamação inespecífica causada exclusivamente por fungos oportunistas em pacientes imunocomprometidos. 

O diagnóstico diferencial entre as duas condições baseia-se na perda óssea: a Gengivite Crônica apresenta reabsorção da crista alveolar, enquanto a GUN, por ser um quadro agudo limitado ao tecido mole, nunca evolui para perda de inserção ou destruição do ligamento periodontal.

Diferente da gengivite comum, a GUN não apresenta resposta inflamatória aguda, caracterizando-se por uma necrose asséptica das papilas interdentais, o que justifica a ausência de sangramento e dor durante as fases iniciais da doença.

A etiopatogenia da GUN está estritamente ligada à invasão tecidual por um complexo fusospiralar, sendo potencializada por fatores psicossociais, como o estresse emocional, e hábitos como o tabagismo, que alteram a microcirculação gengival.