O PNI oferece duas doses da vacina de febre amarela para menores de 5 anos, aos 9 meses e 4 anos. Acima de 5 anos, o esquema preconizado é de dose única. 

A vacina HPV disponível no Brasil contém as partículas semelhantes aos vírus dos tipos 6, 11, 16 e 18 (HPV4) e é recomendada em três doses, com intervalo de 6 meses entre elas, para indivíduos entre 12 e 14 anos. 

A vacina da dengue foi licenciada no país no esquema de três doses (0, 6 e 12 meses) e está recomendada para crianças acima de 12 anos e para adultos até no máximo 45 anos de idade que não tiveram infecção prévia confirmada pelo vírus da dengue. 

O PNI utiliza a vacina meningocócica C no esquema de duas doses, aos 3 e 5 meses, com reforço aos 12 meses, e para os adolescentes de 11 e 12 anos. 

Em relação às vacinas pólio inativada (VIP) e pólio oral atenuada (VOP), as três primeiras doses, aos 2, 4 e 6 meses, devem ser feitas obrigatoriamente com a VOP.