A entrada em vigor das penalidades previstas no Código foi imediata e o presidente Lula estipulou multas e penas para proprietários que não têm a reserva legal devidamente registrada em cartório. 

As discussões mais intensas sobre as modificações da legislação ambiental começaram em junho de 1996 quando foi editada a primeira medida provisória que alterava o Código Florestal, estabelecendo novos limites para desmatamento por propriedade na Amazônia Legal e a proibição do avanço do desmatamento em propriedades que já apresentavam áreas degradadas.

O assunto ganhou força em 1996, quando aumentou a proporção da Reserva Legal na Amazônia de 50% para 80% no bioma das florestas e, em 2008, o governo passou a responsabilizar toda a cadeia produtiva pela comercialização de produtos provenientes de áreas desmatadas ilegalmente e editou o Decreto 6.514 que regulamentou as infrações da Lei de Crimes Ambientais. 

O debate sobre as alterações do Código Florestal Brasileiro vem sendo foco de polêmica há décadas desde que foi aprovado em 1965, com sugestão de diversas alterações, boa parte aprovada por meio de leis ou medidas provisórias, sempre para ampliar a proteção de florestas e vegetação nativas.