A implementação do programa é centralizada, sendo executada exclusivamente por meio de um plano federal instituído pela Controladoria-Geral da União, que se aplica uniformemente a todos os órgãos e entidades. 

O programa é implementado por meio de um plano federal, definido pelo Ministério da Gestão, e de planos setoriais. No entanto, os planos setoriais são opcionais e dependem da adesão de cada órgão ou entidade.  

O programa se aplica a servidores públicos federais e trabalhadores terceirizados de forma idêntica, e em caso de denúncia contra um terceirizado, a apuração é feita internamente pelo órgão público, sem a participação da empresa contratante.

A implementação depende exclusivamente de planos setoriais elaborados pelas autoridades máximas de cada órgão, não havendo um plano federal para nortear as ações.

O programa é constituído por um plano federal e por planos setoriais, em que os órgãos e as entidades têm um prazo de 120 dias, a partir da publicação do plano federal, para instituir os respectivos planos setoriais, que devem seguir as diretrizes e orientações do plano federal.