A instauração da TCE dispensa a fase de contraditório e ampla defesa no âmbito interno do órgão de origem, visto que tais garantias constitucionais serão exercidas apenas quando o processo for remetido ao Poder Judiciário.

A Tomada de Contas Especial possui natureza de processo administrativo e visa à identificação de responsáveis, quantificação do dano e recomposição do erário, devendo ser instaurada pela autoridade administrativa somente após esgotadas as medidas administrativas internas sem a obtenção do ressarcimento.

 Por ser um processo de exceção, a TCE deve ser instaurada imediatamente após a detecção de qualquer falha formal na prestação de contas, independentemente da existência de dano efetivo ao patrimônio público.

A competência para julgar as contas no processo de Tomada de Contas Especial é exclusiva da Controladoria-Geral da União (CGU), cabendo ao Tribunal de Contas apenas a função de fiscalização concomitante.

O ônus da prova no processo de Tomada de Contas Especial inverte-se em favor do gestor, cabendo ao Estado demonstrar que os recursos não foram aplicados regularmente, em observância ao princípio da presunção de inocência.