O método preferencial para coleta de sêmen consiste na masturbação. O recipiente para coleta deve ser de vidro ou de plástico, limpo e com abertura ampla. Além disso, um recinto privativo e confortável deve ser disponibilizado ao paciente para coleta, permitindo a rápida entrega da amostra ao laboratório.

Para a coleta de amostra de fezes, o paciente deve ser orientado a não coletar amostra contaminada por urina ou água do vaso sanitário.

A coleta do jato médio com cuidados de higiene geralmente consiste no método de escolha para a obtenção de amostras de urinas não contaminadas. Sua realização é simples e fornece uma amostra que pode ser utilizada em exames bacteriológicos, assim como para exame de urina de rotina.

A coleta de duas amostras de fezes é suficiente para estabelecer o diagnóstico de doenças parasitárias intestinais. 

Para a pesquisa de micobactériasas, amostras de escarro coletadas por expectoração são mais bem obtidas pela manhã, logo após o paciente acordar.