Não há critérios para o estabelecimento de valores a serem transferidos a Estados, Distrito Federal e Municípios. 

O Ministério da Saúde acompanha, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios.

Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde serão depositados em conta especial, em cada esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização do Fundo Nacional de Saúde (FNS).

Na esfera federal, os recursos financeiros, originários do Orçamento da Seguridade Social, de outros orçamentos da União, além de outras fontes, são administrados pelo Conselho Nacional de Saúde (CNS), através do Fundo Nacional de Saúde (FNS).