Os recursos dos Fundos, provenientes da União, dos Estados e do Distrito Federal, serão repassados automaticamente para contas únicas e específicas dos governos estaduais, do Distrito Federal e municipais, vinculadas ao respectivo Fundo, instituídas para esse fim, e serão nelas executados, vedada a transferência para outras contas, sendo mantidas na Caixa Econômica Federal ou no Banco do Brasil S.A.

Admite-se litisconsórcio facultativo entre os Ministérios Públicos da União, do Distrito Federal e Territórios e dos Estados para a fiscalização da aplicação dos recursos dos Fundos que receberem complementação da União.

Os registros contábeis e os demonstrativos gerenciais mensais, atualizados, relativos aos recursos repassados e recebidos à conta dos Fundos, assim como os referentes às despesas realizadas, ficarão permanentemente à disposição dos conselhos responsáveis, bem como dos órgãos federais, estaduais e municipais de controle interno e externo, e ser-lhes-á dada ampla publicidade, inclusive por meio eletrônico.

É autorizada a utilização dos recursos dos Fundos para pagamento de aposentadorias e de pensões dos profissionais da educação básica.