A tomada de contas especial, como medida de exceção que é, só deve ser adotada caso o gestor não consiga ressarcir, através dos meios que disponha, o dano causado ao erário, quando este exista, por exemplo.

Cabe ao Tribunal de Contas da União aplicar sanções no exame dos processos de tomada, prestação de contas e tomada de contas especial, do tipo multa, pela ocorrência de débito ou apurar outro dano causado ao erário, podendo a Controladoria Geral da União exercer igual competência em razão das análises que realizar.

O TCU tem competência normativa para identificar que elementos evidenciam a boa e regular aplicação dos recursos públicos no que concerne aos processos de tomada, prestação de contas e tomada de contas especial.

As contas de um reitor de uma Universidade Federal não são submetidas diretamente ao julgamento ao Tribunal de Contas da União, mas consolidadas às contas do Ministério da Educação para fins de envio ao TCU e posterior julgamento.

O diferimento, quanto ao exame dos processos de tomada, prestação de contas e tomada de contas especial, se refere ao sobrestamento da análise do processo na unidade técnica por prazo determinado, findo o qual, inexistindo elementos supervenientes que infirmem o parecer do controle interno, será encaminhado ao relator, após ouvido o Ministério Público, para julgamento por Relação, observado o prazo regimental.