Na literatura estão descritos, diferentes meios definidos adequados a um cultivo para produção de altas densidades celulares, para E. coli recombinante. Em relação ao tema analise as afirmativas a seguir.

I. A composição de um meio de cultura muda durante o crescimento ocorre depleções de nutrientes, mudanças na osmolaridade e secreção de metabólitos pelo microrganismo, podendo em alguns casos, serem identificadas certas mudanças na morfologia (fenotípica) e na atividade metabólica.

II. Determinadas cepas de E. coli (K-12 e derivadas) são capazes de utilizar sacarose como fonte de carbono, viabilizando a produção de biomassa em meios industriais.

III. Para atingirem-se altas concentrações celulares de E. coli recombinante é necessário o fornecimento de uma quantidade elevada de fonte de carbono (glicose) e um balanço adequado de nitrogênio e fósforo.

Assinale:

A otimização do crescimento celular de uma cultura envolve a composição do meio de cultivo e o controle preciso de parâmetros físicos como pH, temperatura, aeração e agitação. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.

I. Alguns microrganismos são capazes de sintetizar todos os componentes orgânicos necessários para o crescimento, utilizam CO₂ como fonte principal de carbono (C-autotróficos), outros utilizam compostos orgânicos (açúcares como glicose) como fonte principal de carbono (C-heterotróficos).

II. Embora os açúcares sejam a fonte principal de carbono e energia (ATP) para bactérias heterofílicas, eles não são intermediários metabólicos no interior das células bacterianas, são fosforilados com freqüente conversão de um açúcar em outro (frutoses, pentoses), incluindo conversões tipo aminação, redução ou oxidação.

III. Muitas cepas de E. coli, sofreram deleções em determinados genes (mutações) para restringir seu uso a laboratórios. Nestes casos, certos meios seletivos são indicados para o crescimento de diferentes cepas auxotróficas, por exemplo, uma cepa mutante (auxotrófica para arginina) é incapaz de crescer na ausência deste aminoácido, outra, por exemplo, é lactose deficiente (lac- ). Em laboratórios que trabalham com microrganismos recombinantes, é comum o uso de meios de cultivo com antibióticos para a seleção dos mesmos.

Assinale:

O sistema de expressão heterólogo em E. coli é um método muito empregado para a produção de insumos biotecnológicos seu sucesso depende de muitos fatores: como o vetor de expressão e a sua estabilidade, o uso de promotores fortes, condições de cultivo e principalmente dos métodos disponíveis para a purificação da proteína recombinante expressa. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.

I. Os plasmídeos são encontrados em procariotos e possuem genes essenciais a sobrevivência, manutenção e reprodução bacterianas, porém podem conferir vantagens seletivas ao hospedeiro, como resistência a antibióticos, metais pesados, produção de substâncias antibióticas, degradação de compostos aromáticos, imunidade a bacteriófagos, entre outros.

II. Os plasmídeos Col têm sido os mais estudados até o momento, não só porque dirigem a produção de colicina, mas pelo seu grande potencial, como base para construção de vetores de clonagem e expressão.

III. A incompatibilidade plasmidial é uma propriedade utilizada para determinar o grau de proximidade entre os vários plasmídeos existentes. Incompatibilidade é a inabilidade de dois plasmídeos co-residentes serem estavelmente mantidos na mesma célula, na ausência de seleção externa.

Assinale:

Um dos mais estudados sistemas de regulação da expressão gênica é o do bacteriófago lambda (λ), que possibilita o entendimento em nível molecular do funcionamento de padrões herdáveis da regulação gênica de um comutador que pode alternar-se entre dois estados estáveis de automanutenção. Em relação ao tema, analise as afirmativas a seguir.

I. Após infectar uma célula de E. coli, o bacteriófago lambda (λ), pode desenvolver dois ciclos, um chamado lisogênico, no qual há a integração do DNA viral em sítios específicos do genoma bacteriano e o outro lítico, no qual as funções do fago são intensamente expressas, levando à lise da bactéria e liberação de partículas virais que irão infectar novas células.

II. O gene cI codifica o repressor C_I que é responsável pela manutenção do ciclo lítico. A transcrição do gene cI pode ser originada por dois promotores P_RM ou P_E.

III. O produto mais importante controlado pelo promotor P_L é a proteína CRO, uma proteína regulatória com ação antiterminadora em T_L. Assinale:

Diferentes métodos de detecção de proteínas vem sendo desenvolvidos e adaptados visando o aprimoramento, a modernização e a simplificação do processo de detecção de proteínas. No desenvolvimento e na adaptação de um novo método para análise proteômica, assinale a alternativa incorreta é incorreto afirmar que são características desejáveis:

Analise as afirmativas abaixo.

I. Na ionização por eletrospray, os peptídeos a serem analisados são dissolvidos em um líquido que passa por uma agulha, a um alto potencial elétrico. A voltagem aplicada dispersa o líquido em pequenas gotículas, altamente carregadas, que evaporam e transferem as moléculas para o vácuo de um espectrômetro de massas.

II. O aparelho Ion Trap-Orbitrap é um espectrômetro de massa híbrido, que combina um Ion Trap linear com um analisador Orbitrap. O Orbitrap é um tipo de analisador de massa de Ion Trap que utiliza transformada de Fourier, no qual os íons oscilam ao longo e ao redor de um cilindro central.

III. A dissociação induzida por colisão (CID) consiste na fragmentação de íons peptídicos pela energia adquirida durante a colisão com um gás quimicamente reativo.

IV. A marcação isotópica estável por aminoácidos em culturas de células (SILAC) é um dos tipos de marcação metabólica utilizada na proteômica quantitativa. Comumente, formas dos aminoácidos lisina e arginina, marcados com ³³P e ³⁵S, são incorporados em uma cultura celular ou em organismo através da marcação metabólica. Na análise por espectrometria de massa, os aminoácidos marcados com esses isótopos pesados são distinguíveis dos seus correlatos não marcados por uma mudança de massa característica.

Assinale: 

Analise as afirmativas abaixo com relação aos diferentes tipo de analisadores de massa.

I. Em um equipamento Q-TOF, um filtro de massa quádruplo está acoplado a uma analisador de tempo de vôo que diferencia as moléculas presentes em função do tempo de sua chegada ao detector.

II. Após a ionização por eletrospray, a relação massa/carga das moléculas é determinada por meio de sua trajetória em um campo elétrico estático ou dinâmico.

III. No sistema IonTrap, os íons são capturados em um campo onde eles podem ser acumulados e manipulados em análises subsequentes.

IV. No sistema Orbitrap, os íons circulam ao redor de um eletrodo central com formato fusiforme. A frequência de oscilações dos íons nesta trajetória é proporcional à raiz quadrada da razão m/z.

Assinale: 

Com o objetivo de avaliar o conjunto completo de proteínas presentes nos cloroplastos de uma célula vegetal, um laboratório de biologia molecular contratou os serviços de um laboratório especializado em análise proteômica quantitativa. Durante as negociações para a realização do projeto, foram apresentadas algumas estratégias alternativas de abordagem experimental.

I. Análise proteômica global de cloroplastos isolados a partir de gradientes de densidade.

II. Análise do proteoma da membrana externa cloroplastidial, utilizando frações de membrana externa isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

III. Análise proteômica da fração solúvel de cloroplastos isolados em gradiente de densidade.

IV. Análise do proteoma da membrana interna cloroplastidial, utilizando frações de membrana externa isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

V. Análise do proteoma da membrana tilacóide, utilizando frações de membrana tilacóide isolada a partir de extratos purificados obtidos de cloroplastos purificados em gradiente de densidade.

Tendo em vista o custo das análises e o tempo necessário para sua realização, o laboratório só poderia realizar duas destas estratégias. Visando obter a maior quantidade de dados relacionados à composição dos cloroplastos desta espécie, assinale a alternativa que melhor descreve as abordagens que deveriam ser realizadas prioritariamente.

Assinale:

Sobre resolução espectrométrica dos aparelhos de determinação de massas, analise as afirmativas a seguir.

I. A largura do pico detectado (avaliada na sua base), dividida pela massa do pico, define a resolução espectrométrica de um aparelho de determinação de massa.

II. A introdução do sistema Orbitrap aumentou bastante a resolução espectrométrica em relação aos sistemas IonTraps simples, anteriormente utilizados.

III. Quanto maior a resolução espectrométrica, maior a chance de mais de um peptídeo serem agrupados em um mesmo pico.

IV. Uma alta resolução espectrométrica é uma pré-condição para a identificação e quantificação acurada dos peptídeos.

Assinale: 

A abordagem proteômica tem possibilitado a caracterização de grandes quantidades de proteínas que estão presentes em condições fisiológicas definidas. Dentre as diferentes estratégias experimentais utilizadas, a proteômica de organelas foi uma das primeiras abordagens que disponibilizaram importantes conjuntos de dados, criando a expectativa de que o conjunto completo de proteínas que compõe as diferentes organelas de uma célula eucarionte pudesse ser caracterizado. Entretanto, análises realizadas com proteomas de cloroplastos e mitocôndrias têm demonstrado que, apesar dos grandes avanços alcançados, ainda não é possível a identificação de todas as proteínas que compõem estas organelas. Sobre tais iniciativas, analise as afirmativas a seguir.

I. A análise do proteoma de uma organela é limitada em função da perda de proteínas durante o processo de preparação das amostras.

II. O alto grau de conservação entre proteínas presentes em cloroplastos e mitocôndrias, assim como sua conservação com proteínas presentes em outros compartimentos celulares, dificulta a identificação das mesmas nos proteomas organelares.

III. Proteínas de membrana estão sempre representadas em baixa proporção, o que limita a identificação destas na abordagem proteômica.

IV. Proteínas destas organelas sofrem proteólise durante seu processo de importação para as organelas, o que limita sua identificação final.

Assinale: 

Após a descoberta de um novo tipo de bactéria, isolada em amostras de solo da região amazônica, um grupo de pesquisa iniciou dois projetos multidisciplinares estruturados em rede. No primeiro dos projetos, foi realizado o sequenciamento completo e a anotação do genoma desta nova bactéria. No segundo projeto, foi realizada a análise proteômica da mesma bactéria. Após a finalização dos projetos, os resultados obtidos foram comparados. Com relação a esta comparação, assinale a alternativa correta.

Nos experimentos de análise proteômica, comumente são utilizados, sequencialmente, uma fonte de ionização de peptídeos seguida de um analisador de massa. Assinale a alternativa que apresenta exemplos dos dois tipos de aparelhos.

Dentre as diferentes estratégias disponíveis para análise proteômica, uma das mais utilizadas tem sido a técnica de MALDI-TOF. Obseve as afirmativas realizadas com relação a esta tecnologia e assinale a alternativa incorreta.

O método de Edman tem sido um dos mais utilizados para o sequenciamento de peptídeos e compreende uma série de ciclos de reação. Analise as afirmativas abaixo com relação à este método.

I. Na primeira etapa, o polipeptídeo em estudo reage com PITC, que se acopla ao grupo NH2 livre do aminoácido 1.

II. Na segunda etapa, ocorre a hidrólise ácida da proteína conjugada com PITC, que libera a feniltiohidantoína (PTH) do aminoácido 1 e o restante do polipeptídeo, tornando o aminoácido 2 o novo resíduo N-terminal.

III. Na terceira etapa, a análise cromatográfica do PTHaminoácido é realizada.

Assinale: 

Com relação à fragmentação e ao sequenciamento de peptídeos utilizados nas análises de espectroscopia de massa, assinale a alternativa incorreta.

Com relação às limitações da técnica de eletroforese bidimensional, assinale a alternativa incorreta.

Dentre adaptações e desenvolvimentos de tecnologias de análise proteômica, o estabelecimento de métodos de coloração de proteínas compatíveis com a análise por espectrometria de massa são de grande interesse. Dentre estes, encontram-se os métodos de coloração reversa. Com relação às vantagens de algumas destas metodologias, assinale a alternativa incorreta.

Diferentes técnicas de detecção de proteínas através de métodos fluorescentes vem sendo desenvolvidas. Com relação a estas metodologias, analise as afirmativas a seguir.

I. A faixa de detecção linear dinâmica dos métodos de detecção de proteínas por fluorescência em eletroforeese em gel é normalmente superior aos métodos de coloração tradicional.

II. Corantes de proteínas por fluorescência do tipo SYPRO são fáceis de serem aplicados, por meio de uma única etapa de coloração de 30 a 60 minutos, sem a necessidade de descoloração.

III. Os corantes de flurorescência detectam em geral pequenas quantidades de proteínas (4-8ng) e existem metodologias para sua quantificação através de análises de imagens.

Com relação às afirmativas acima, assinale abaixo a alternativa correta.

Assinale:  

Nas análises rotineiras de eletroforese bidimensional, após a ruptura dos tecidos e/ou das células, as proteínas são solubilizadas e desnaturadas em soluções contendo detergentes não iônicos ou zwiteriônicos, agentes caotrópicos e pequenas quantidades de agentes redutores, para posterior análise em gel. Assinale abaixo a única alternativa que não descreve exemplos, respectivamente, destas três classes de substâncias.

Com relação à espectrometria de massa, assinale a alternativa incorreta.