A prescrição da ação penal militar, de regra, regula-se pelo máximo da pena privativa de liberdade cominada ao crime, possuindo natureza jurídica de causa extintiva da punibilidade. Entretanto, no crime de deserção, o sistema do CPM configura duas hipóteses para a questão da prescrição, ora aplicando a norma geral, ora estabelecendo norma especial, previstas igualmente no estatuto castrense.

A extinção da punibilidade dá-se, entre outras causas, pela prescrição, a qual, no curso da ação penal, é interrompida pela instauração do processo, pela sentença condenatória recorrível e pela prática de outro crime pelo acusado.