O POEM está associado a elevadas taxas de perfuração esofágica (superior a 5%) e sangramento grave, o que limita seu uso clínico.

A média de pressão do esfíncter esofagiano inferior permanece inalterada após o POEM, sendo necessária a reintervenção precoce na maioria dos casos.

A taxa de sucesso clínico do POEM após doze meses é inferior a 80% em pacientes com acalasia tipo II. 

O principal benefício do POEM em longo prazo é a redução da incidência de refluxo ácido distal em comparação a miotomia cirúrgica (cirurgia de Heller).

A maioria dos eventos adversos relacionados ao POEM pode ser manejada por via endoscópica, com baixa taxa de complicações graves.