A detecção de Clostridium difficille é recomendada para pacientes cuja doença diarréica surge após antibioticoterapia ou durante hospitalização, principalmente quando a colite é uma característica proeminente.

O C. difficile é um bacilo gram positivo anaeróbico formador de esporos. Produz várias toxinas que foram usadas como base para sua detecção. A toxina A é uma citotoxina e a toxina B é uma potente enterotoxina.

Amostras de fezes líquidas coletadas em frascos limpos com boa vedação devem ser transportadas ao laboratório em temperatura ambiente dentro de 2 h. Caso o transporte demore mais que isso, a amostra deve ser refrigerada.

Uma das limitações da pesquisa das toxinas, é que elas podem ser detectadas nas fezes de lactentes saudáveis sem sinais de doença diarréica ou colite.