No caso de citologia não diagnóstica após a PAAF, a repetição do procedimento guiado por ultrassonografia possui baixa eficácia, devendo-se realizar a exérese da lesão.

Frente ao achado de neoplasia folicular na PAAF, a lobectomia ou tiroidectomia total estão indicadas, mesmo que o nódulo tenha funcionamento autônomo detectado na cintilografia com iodo.

Os nódulos benignos diagnosticados pela PAAF devem ser acompanhados com nova ultrassonografia 6 a 18 meses após a PAAF inicial, estando a ressecção indicada caso haja aumento de mais de 50% em seu volume ou mais de 20% em suas dimensões.

Um nível de TSH sérico baixo está relacionado a uma menor probabilidade de malignidade em um nódulo tireoidiano.