Em endodontia, as aplicações clínicas da TFDa geralmente são utilizadas para substituir o preparo químico mecânico. 

A atividade antimicrobiana da TFDa está relacionada à produção de espécies reativas do oxigênio (ERO) pela ação de uma fonte de luz de baixa potência em um fotossensibilizador que danifica as estruturas celulares dos microrganismos.

A TFDa utiliza uma fonte de luz de alta potência e sem potencial térmico, isto é, sem que haja o aumento de temperatura superior a 1 °C.

O uso de fibra ótica é desnecessário em TFDa em endodontia, uma vez que o estímulo do fotossensibilizador presente na coroa já é suficiente para a formação das espécies reativas de oxigênio (ERO).

O fotossensibilizador mais comum é o peróxido de hidrogênio.