na esclerodermia (esclerose sistêmica), são encontrados na pesquisa do FAN por imunofluorescência indireta anticorpos anticentrômero como um padrão de fluorescência centromérico, ao passo que anticorpos antitopoisomerase costumam associar-se a um padrão homogêneo/nucleolar de fluorescência.

na imunofluorescência indireta, o FAN em HEp-2, na maioria das situações, é capaz de definir qual autoanticorpo específico está presente no soro estudado, sendo rara a necessidade de se conjugar com outro teste imunológico.

de maneira geral, ensaios imunoenzimáticos (ELISA) são mais específicos e um pouco menos sensíveis que os métodos de referência, além de fornecerem resultados quantitativos (titulação).

o fator reumatoide (FR) tem alto valor diagnóstico na detecção de artrite reumatoide por sua alta especificidade com a doença, diferenciando-se de outras condições clínicas, como síndrome de Sjõgren, endocardite bacteriana e hanseníase. 

anticorpos antinucleares ocorrem em mais de 98% dos indivíduos com lúpus eritematoso sistêmico, quando pesquisados por imunofluorescência indireta (com HEp-2 como substrato). As especificidades de maior utilidade clínica na doença são antidsDNA e anti-RNA polimerase III.