Durante a primeira parte do império, após a independência, o vale do rio Branco pertenceu à província do Pará; a partir de 1850, passou a integrar a província do Amazonas.

No início do “boom” da borracha, no final do império, o vale do rio Branco tornou-se o principal núcleo produtor de látex da Amazônia, chegando a enfraquecer a produção pecuária, tamanha a atração exercida pelas seringueiras do rio Branco sobre os capitais e força de trabalho de Boa Vista.

Ao longo do século XIX, as chamadas “Fazendas Nacionais”, pertencentes ao governo imperial, foram sendo invadidas por fazendeiros e tiveram grande parte do gado desviado por particulares.

Houve tentativas de estabelecimento de missões religiosas entre os povos indígenas da região durante o império.

Em parte devido aos maus-tratos infligidos por fazendeiros brasileiros contra os indígenas, em parte por conta da instabilidade provocada pela Cabanagem, agentes ingleses aproveitaram para tentar expandir os domínios britânicos da então Guiana Inglesa, reivindicando parte do que hoje é o nordeste de Roraima.