Na técnica de qPCR, duas abordagens de quantificação em tempo real podem ser utilizadas, as sondas TaqMan ou o reagente SYBR Green. Nesse processo, ambas as estratégias se baseiam na emissão de luz proporcional ao número de produtos de PCR.

A técnica de qPCR é capaz de detectar pequenas quantidades de DNA em amostras biológicas, sendo considerada uma técnica muito sensível. Assim, é a técnica padrão-ouro para a detecção do DNA viral de SARS-COV-2, agente causador da COVID-19.

A técnica chamada PCR multiplex utiliza, em uma única reação de PCR, um par de primer. O processo de amplificação produzirá fragmentos de tamanhos iguais, específicos para diferentes sequências de DNA.

A técnica PCR quantitativa ou em tempo real (qPCR) é realizada em termocicladores especializados, os quais permitem que os pesquisadores quantifiquem as reações de amplificação somente após corridas eletroforéticas.

A incorporação à estratégia do qPCR de uma etapa inicial com a enzima luciferase permite o desenvolvimento de ensaios que podem monitorar, por exemplo, a variação nas quantidades de RNA mensageiros em tecidos expostos a medicamentos.