Coloração diferencial - uma das etapas iniciais no processo de identificação de bactérias é a coloração diferencial. A coloração de Gram, por exemplo, divide as bactérias em dois grupos. A coloração acidorresistente pode ser aplicada para um grupo mais limitado de microrganismos.

Western Blotting - suas etapas consistem na clivagem do DNA extraído do patógeno desconhecido e, em seguida, a utilização de uma sonda de DNA de origem conhecida. A sonda hibridizará com as linhagens da espécie geradora conhecida, identificando, assim, o material genético desconhecido.

Sorologia - avalia a atividade enzimática bacteriana e é amplamente empregada nos processos de fixação química. Pode separar organismos intimamente relacionados ao nível de espécie.

Testes bioquímicos - soluções denominadas antissoro estão comercialmente disponíveis e são utilizadas na identificação de microrganismos de importância médica. Um patógeno desconhecido isolado de um paciente pode ser rapidamente identificado por um teste utilizando um antissoro conhecido.

Microscopia Eletrônica de Varredura - pode ser empregada para detectar a presença de microrganismos patogênicos em amostras de interesse, sem a necessidade de cultivar o agente. Anticorpos marcados com corante fluorescente são utilizados para indicar a presença do agente biológico pesquisado.