Os inibidores de bombas de prótons são indicados em dose plena para o tratamento inicial do refluxo gastroesofágico não complicado e em dose dobrada para pacientes com complicações, como estenose e esôfago de Barret ou com manifestações atípicas.

São efeitos colaterais comuns dos IBPs cefaleia, diarreia, constipação, dor abdominal.

A fundoplicatura de Nissen é um dos tratamentos cirúrgicos disponíveis para tratamento do refluxo gastroesofágico, com índice de melhora superior a 85%, no entanto, a recidiva é inevitável.

A resposta clínica ao uso de IBP é um preditor de má resposta à fundoplicatura de Nissen.