Vírus são inanimados e necessitam infectar células vivas para se replicarem, por isso não se estabelecem em canais radiculares com polpa necrosada.

Fungos são micro organismos eucariotas membros da microbiota oral e, ocasionalmente, espécies de Cândida albicans são encontradas em infecções primárias.

O número de espécies microbianas na infecção endodôntica é inversamente proporcional ao tamanho da lesão perirradicular, podendo apresentar, em casos de grandes lesões, mais de 40 espécies.

Micro organismos presentes na infecção endodôntica podem ser encontrados aderidos às paredes do canal radicular, formando estruturas semelhantes aos biofilmes. Quanto maior for a organização da comunidade microbiana no interior de canais infectados, maior será seu potencial patogênico