Apesar de o mau odor ser percebido na cavidade oral, em aproximadamente 30% dos casos a origem da halitose não encontra-se na cavidade oral. Por isso, o tratamento deve ser multidisciplinar.

Diabetes mellitus, sinusites crônicas, obstrução nasal e uso de medicamentos antidepressivos são algumas das causas de halitose extraoral. Por outro lado, o estômago não é considerado contribuinte para halitose, exceto em raras circunstâncias.

A patogênese da halitose intraoral esta associada à degradação bacteriana de aminoácidos contendo enxofre em compostos sulfurados voláteis, dos quais o metilmercaptano e o sulfeto de hidrogênio são os principais componentes.

No primeiro exame destinado ao diagnóstico da halitose intraoral o profissional deverá realizar teste organoléptico. Para isso, o paciente deve fechar a boca por 1 minuto e em seguida exalar vagarosamente o ar pela boca a uma distância de aproximadamente 10 cm do nariz do examinador. O examinador classificará a halitose baseada em uma escala com valores que variam de 0 a 5.

A halitose intraoral está mais associada com a. saburra que cobre o dorso da língua do que com a gravidade da doença periodontal.