A amostra deve ser coletada preferencialmente no laboratório, e, sempre que possível, antes do início da antibioticoterapia.

O paciente deve reter a urina na bexiga por, no mínimo, 2 horas antes de realizar a coleta. A permanência da urina na bexiga por pelo menos 4 horas é o ideal, pois diminui o número de resultados falso-negativos. 

Evitar a ingestão de líquido em excesso, pois poderá diluir a urina, diminuindo a contagem de colônias ou gerando resultados falso-negativos. Nunca utilizar amostras de urina coletadas em comadres, papagaios ou armazenadas no saco coletor de pacientes sondados.  

O transporte e armazenamento da amostra influenciam diretamente o resultado da cultura. 

A literatura atual sugere que a urina deva permanecer na temperatura ambiente após a coleta, por um prazo máximo de 24 horas, ou fazer uso de meios de transporte/conservantes.