Para moldagem anatômica podem ser empregados como materiais de moldagem o alginato, a godiva e o silicone. Apesar de o último ser mais caro, apresenta a vantagem de dispensar a realização da moldagem funcional com moldeira individual.

Durante a confecção da moldeira individual para moldagem funcional, é recomendada a realização de alívio nas áreas retentivas do modelo anatômico, para facilitar a remoção do modelo de trabalho da moldeira individual. A área de alívio deve recobrir toda a área de suporte primário e não envolver a região periférica (bordos da moldeira).

A godiva de baixa fusão é comumente empregada para vedamento periférico durante a moldagem funcional. Tem a vantagem de apresentar fluidez adequada para exercer mínima pressão sobre os tecidos, quando plastificada; e apresentar boa adesividade à moldeira. Contudo, a técnica deve ser feita com cautela, pois a godiva não apresenta resistência adequada para ser colocada e retirada em rebordos com áreas retentivas em mucosa; e pode ser difícil realizar acréscimos ou subtrações à medida que cada região vai sendo moldada.

Durante a moldagem anatômica, eventualmente, os moldes de alginato podem ter pequenos defeitos (bolhas ou imperfeições) corrigidos com uma segunda moldagem, utilizando-se um alginato mais fluido (com cerca de 50% a mais de água) sobre a primeira. Nesses casos, a segunda camada deve recobrir por completo a primeira moldagem e não preencher apenas os espaços defeituosos.

O palato mole Classe III (classificação de House) é considerado o mais favorável para vedamento periférico posterior de próteses totais superiores.