A água da refrigeração dos instrumentos rotatórios está sujeita à contaminação decorrente do refluxo de material orgânico para o interior destas peças.

Para o controle de infecção, a autoclavagem das peças de mão é desnecessária, desde que seja acionado o sistema de liberação de água após o uso.

Em relação ao biofilme, estratégias de acionamento e liberação de água no fim do dia, e nos intervalos entre pacientes, controlam a formação do biofilme ou reduzem sua aderência na tubulação.

As estratégias para assegurar qualidade à água dos equipamentos odontológicos incluem a utilização de reservatório de água, dependente da rede de abastecimento, desinfecção quimica das linhas de água e drenagem semanal .

Os resultados dos trabalhos confluem para o estabelecimento de um protocolo, que visa à eliminação do biofilme por meio da aplicação de desinfetantes à base de glutaraldeido, destinados às linhas de água.