Para a detecção dos cistos do helminto causador da giardíase, utiliza-se a análise fecal pelo método direto a fresco ou corado pelo lugol.

Métodos imunológicos não são efetivos e úteis para o diagnóstico de giardíase em amostras fecais. Por outro lado, os métodos moleculares são amplamente empregados na rotina de diagnóstico.

Na pesquisa de trofozoítos, recomenda-se analisar amostras de fezes somente após quatro horas de repouso, considerando que este é o tempo requerido para a maturação da forma promastigota da espécie. 

Os indivíduos com manifestações clínicas de giardíase, porém com exames de fezes negativos, poderão ser submetidos à análise de amostras do fluido duodenal ou biópsia do duodeno para a pesquisa de trofozoítos. 

O diagnóstico parasitológico pelas fezes é realizado para detecção da presença de cistos. Os trofozoítos podem ser encontrados apenas em exames de sangue, assim como em pacientes que estejam em estágio inicial de contaminação.