A ligação entre genes localizados em um mesmo cromossomo acontece no momento da fecundação e não é completa porque durante a prófase I da meiose ocorre diminuição da variabilidade genética.

A redução do número de gametas recombinantes entre dois ou mais genes localizados em um mesmo par de cromossomo homólogos deve-se a permutação ocorrida entre os locos gênicos considerados, durante a divisão meiótica que leva a separação das cromátides homólogas. 

Permite o emparelhamento das cromátides - irmãs e corrige a recombinação gênica. Os cromossomos se condensam e tornam-se possível observar a linkage, conjunto das quatro cromátides, duas de cada cromossomos. 

A consequência do processo de permutação é uma recombinação gênica, pois a cromátide que sofreu permutação pode ficar com alelos diferentes daqueles que ela tinha antes da permutação.

Acontece no momento da divisão mitótica das células e possibilita a troca de cromossomos entre genes homólogos. Assim, as permutações alteram as proporções esperadas nos diferentes cruzamentos.