A parte da estrutura do fármaco responsável pela resposta farmacológica é o farmacóforo. 

Para se realizar um estudo de relação estrutura-atividade de uma classe de substâncias, deve-se realizar pequenas alterações na estrutura do protótipo e, em seguida, avaliar o efeito da alteração sobre a atividade biológica. 

O aumento da lipofilia de uma substância pode ser resultado da inserção de um grupo fenila, alquila ou amino na molécula. 

O grupo ácido carboxílico leva a aumento da hidrofilia da molécula, atrapalhando a etapa de absorção. 

A introdução de grupos volumosos na molécula do fármaco poderá levar a substâncias menos ativas, pois resultará no aumento da repulsão estérica no sítio de ligação.