Além da absorção, é no intestino delgado que ocorre grande parte da digestão dos alimentos. No duodeno, a primeira porção do intestino delgado, são lançadas as secreções do fígado e do pâncreas (bile e suco pancreático, respectivamente). Nessa região a enzima atuante é a tripsina, presente no suco pancreático (a bile não contem enzimas, mas sais biliares). A tripsina é responsável pela digestão de proteínas. A enzima amilase age na digestão e amido ainda na boca e a pepsina também atua na digestão de proteínas, porém ainda no estômago.