Sua deposição foi desencadeada em função de sua pretensão de realizar uma consulta popular para inquirir, junto à população daquele país, sobre o interesse de juntamente com as eleições presidenciais de novembro de 2009 também se elegesse uma Assembléia Constituinte para reformar a Constituição para que fosse legalizada a reeleição presidencial.

O Presidente Lula ofereceu a imunidade da embaixada brasileira em Tagucigalpa para que o presidente deposto, pudesse negociar sua restituição ao poder. Dessa forma, em poucos dias após ter sido deposto Manuel Zelaya retornava a seu país como protegido do governo brasileiro.

Vários organismos internacionais se opuseram ao golpe e estabeleceram sanções a Honduras: a Organização das Nações Unidas (ONU) condenou o episódio e aprovou um pedido de restituição do presidente deposto; a Organização dos Estados Americanos (OEA) expulsou, por unanimidade, este país dentre seus membros; as nações da comunidade européia concordaram em retirar seus embaixadores de Honduras até que Manuel Zelaya fosse reconduzido ao posto.

Na América Latina houve uma divisão entre os países e a formação de dois blocos em que de um lado, se concatenava nações governadas por aliados do venezuelano Hugo Chaves, dentre estas Bolívia e Equador que se posicionaram contrários ao golpe hondurenho e, de outro, os países alinhados aos Estados Unidos, como o Chile, a Colômbia e o Peru que se posicionaram favoráveis aos golpistas.

Os países condenaram a deposição de Manuel Zelaya, até mesmo Israel, que historicamente esteve alinhado a este tipo de procedimento.