A ausência de achados sugestivos de endometrioma ou sinais de endometriose profunda à ultrassongrafia transvaginal afasta o diagnóstico de endometriose. 

A ressonância magnética da pelve apresenta boa sensibilidade e especificidade para o diagnóstico de endometriomas e endometriose profunda. Portanto, uma ressonância magnética da pelve negativa afasta o diagnóstico de endometriose peritoneal. 

A especificidade do CA-125 para diagnóstico da endometriose assemelha-se à da laparoscopia. 

A identificação de cistos ovarianos com conteúdo achocolatado à laparoscopia, é conclusivo para o diagnóstico de endometriose. 

A identificação, ao exame físico, de nodularidade em fundo de saco ou em topografia de ligamentos útero-sacros é sugestivo do diagnóstico de endometriose.