Quando duodenal, o tratamento clínico inicial pode ser tentado, se as condições forem favoráveis.

Quando duodenal e aguda, a opção cirúrgica de escolha é sutura mais patch omental. 

Quando gástrica e crônica, o tratamento cirúrgico deve ser a simples rafia mais patch omental. A gastrectomia deve ser evitada, mesmo em casos de pouco tempo da perfuração e com bom status devido aos riscos da ressecção. 

Os AINES podem ser o fator causal da úlcera péptica perfurada.

O tratamento endoscópico com clipes mais o tratamento clínico pode ser usado em casos selecionados, já que é um tratamento ainda com pouca experiência.