A limpeza e desinfecção das superfícies clínicas (como encosto de cabeça e braços da cadeira) devem ser realizadas com um pano limpo e desinfetante de nível intermediário, como à base de quaternário de amônio ou álcool 70%, após a limpeza mecânica inicial para remover sujidades. 

Para superfícies de difícil desinfecção, como o foco e os comandos do equipo, a estratégia mais segura e eficiente é a utilização de barreiras físicas descartáveis, como filmes de PVC, que devem ser trocadas a cada paciente. 

O protocolo de limpeza deve ser iniciado pelas superfícies mais criticas e contaminadas, como a cuspideira, seguindo depois para as áreas menos críticas, como o chão, para evitar o espalhamento de microrganismos. 

A desinfecção de superfícies de contato indireto, como maçanetas, interruptores de luz e puxadores de gaveta, não pode ser negligenciada, pois são fontes comuns de contaminação cruzada e devem ser incluídas no protocolo de limpeza do intervalo. 

O uso de barreiras plásticas em equipamentos como o aparelho de Raio X impede a contaminação dessas superfícies, eliminando a necessidade de desinfecção química direta no equipamento entre um paciente e outro.