Illumina (Solexa), 454 (Roche) e Ion Torrent (Próton/PGM) são sequenciadores de nova geração que realizam o sequenciamento direto tanto de DNA quanto de RNA.

Uma das maiores vantagens das tecnologias de sequenciamento de nova geração é o fato de que as sequências obtidas geralmente são longas, contendo, ao menos, 1 kilobases.

Apesar dos inúmeros avanços gerados pelas técnicas de sequenciamento de nova geração, ainda é tecnicamente impossível utilizá-las para analisar os genes que estão sendo expressos em um determinado tecido ou condição.

Uma das restrições ao uso do sequenciamento de nova geração é a necessidade de serem utilizadas amostras grandes com alta concentração de ácidos nucleicos.  

as tecnologias recentes de sequenciamento de ácidos nucleicos permitem sequenciar tanto DNA como RNA de forma mais rápida e barata do que anteriormente era conseguido com o sequenciamento de Sanger e, por conta disto, estão revolucionando os estudos de genomas e a biologia molecular.