O controle interno da qualidade é realizado exclusivamente por órgãos fiscalizadores, enquanto o controle externo é executado diariamente pela equipe do laboratório.

O controle externo da qualidade substitui a necessidade da realização do controle interno, desde que o laboratório participe regularmente de ensaios de proficiência.

O controle interno da qualidade consiste na calibração periódica dos equipamentos, enquanto o controle externo limita-se à inspeção documental realizada pelos órgãos reguladores.

Tanto o controle interno quanto o controle externo da qualidade têm como finalidade exclusiva avaliar a fase pré-analítica dos exames laboratoriais.

O controle interno da qualidade monitora o desempenho analítico rotineiro do laboratório, enquanto o controle externo da qualidade avalia a exatidão dos resultados, por meio da comparação entre diferentes laboratórios.