Em Linux, todos os usuários possuem necessariamente privilégios administrativos equivalentes ao usuário root.

Em Windows, permissões de arquivos só podem ser definidas para dispositivos removíveis, não para diretórios locais.  

Em Linux, permissões de leitura, escrita e execução podem ser atribuídas separadamente ao proprietário, ao grupo e aos demais usuários, enquanto em Windows é comum o uso de listas de controle de acesso para permissões mais granulares. 

Em servidores Windows e Linux, serviços de rede não dependem de configuração de permissões, portas ou políticas de segurança.