A microbiota oral é afetada pelo fumo, motivando uma alteração e liberação de cotinina, metabólito que predomina da nicotina na saliva ou nos fluidos gengivais.

O tabaco é um dos maiores fatores que influenciam negativamente e causam danos à saúde oral, por ser um dos principais responsáveis pela baixa resposta imunológica quando ocorre a vasodilatação tecidual, que gera aumento do fluxo sanguíneo no local, que modifica a microbiota e gera um aumento da inflamação e acentuação da doença.

Em um espaço de tempo de 10 anos, a perda óssea relatada foi duas vezes mais intensa em pacientes fumantes, mesmo apresentando controle de placa bacteriana satisfatório. 

O ato de fumar leva a um processo de cicatrização periodontal mais lento, retardando a resposta aos tratamentos e elevando os índices de insucesso da terapia periodontal.

O ato de fumar pode causar uma alteração na produção de anticorpos, fazendo com que haja diminuição na concentração de IgG (Imunoglobulina G), anticorpo produzido pelo organismo quando há contato com algum agente agressor.