A conformação estrutural B-DNA é a mais representativa in vivo, possui sua dupla hélice mais curta e estreita, resultando em maior estabilidade da molécula de DNA, e favorece o processo de transcrição gênica.

A conformação estrutural A-DNA é a conformação que apresenta maior estabilidade em meio a soluções livres de água. A A-DNA apresenta sua dupla hélice à esquerda, facilitando, assim, o processo de transcrição gênica.

A Conformação estrutural Z-DNA possui sua rotação helicoidal à esquerda. Essa conformação é favorecida por um super espiralamento negativo localizado em regiões onde a regulação do processo de transcrição gênica apresenta-se mais intenso.

A conformação B-DNA possui condições fisiológicas favoráveis. Além de exibir sua dupla hélice girando à direita, revela-se mais longa e estreita. Tais características estão relacionadas ao processo de transição gênica.

A conformação estrutural Z-DNA possui dupla hélice alongada e mais estreita. Essa conformação, além de girar para a direita, favorece um super espiralamento positivo que contribui para o processo de transcrição gênica.