As autarquias reguladoras, por integrarem a administração indireta, não possuem autonomia administrativa ou financeira, estando subordinadas ao ente federativo que as criou.

As autarquias especiais, como as agências reguladoras, caracterizam-se por maior autonomia administrativa, estabilidade relativa de seus dirigentes e regime jurídico diferenciado, com vistas a assegurar atuação técnica e independente na regulação de setores específicos. 

As autarquias executivas são criadas por decreto do chefe do Poder Executivo e possuem autonomia plena, sendo dispensadas de supervisão ministerial.

Tanto as autarquias executivas quanto as reguladoras possuem personalidade jurídica de direito privado, submetendo-se predominantemente ao regime jurídico das empresas estatais.