Para a indicação do uso de PrEP, deve-se excluir, clínica e laboratorialmente, o diagnóstico prévio da infecção pelo HIV. 

Uma vez que a PrEP é iniciada, deve-se realizar seguimento clínico e laboratorial do usuário a cada seis meses. Sobretudo no início do uso da PrEP, recomenda-se uma avaliação em um intervalo mais curto, com primeiro retorno em 30 dias.

Caso a pessoa traga para a consulta um exame prévio negativo para HIV, é indicada a realização de um novo exame na consulta inicial. Em todas as consultas para PrEP (inicial e seguimento), é necessário realizar novo exame para HIV.

Em caso de suspeita clínica de infecção aguda pelo HIV, com ausência de marcadores imunológicos, deve-se realizar o exame de carga viral do HIV a fim de reduzir o período de janela diagnóstica. Nesse caso, o início da PrEP deve ser postergado até o esclarecimento diagnóstico. 

A PrEP deve ser considerada para pessoas a partir de 15 anos, com peso corporal igual ou superior a 35 kg, sexualmente ativas e que apresentem contextos de risco aumentado de aquisição de infecção pelo HIV.