Devido à sua localização interiorana, o Porto do Itaqui não possui acesso ao mar, servindo apenas para transporte fluvial e ficando limitado à navegação de cabotagem no Rio Mearim.

O Porto do Itaqui especializa-se, sobretudo, na exportação de produtos agrícolas (como grãos), recursos minerais e combustível, beneficiando não somente o Maranhão, mas também outros estados da região Centro-Oeste e Norte do Brasil. 

A atividade principal do Porto do Itaqui concentra-se no turismo, visto que a maior parte de sua receita, além das exportações de grãos e minério, provém de cruzeiros e embarcações de passageiros, com mínima relevância para o transporte de cargas. 

Trata-se de um porto voltado exclusivamente para exportação de frutas e produtos perecíveis, operando sazonalmente de acordo com a safra de frutas típicas do litoral maranhense.