Na reação de sequenciamento, são utilizados os primers forward e reverse.

Nessa técnica, um primer curto aleatório é utilizado para anelar com um segmento complementar ao DNA.

A reação de sequenciamento é baseada no método de terminação de cadeia de dideoxinucleotídeo de Sanger.

Na reação de sequenciamento, sucessivos ciclos de desnaturação, anelamento e síntese resultam em uma amplificação do produto como em reação em cadeia.

Uma diferença dessa técnica em relação à da reação em cadeia da polimerase (PCR) é que, na reação de sequenciamento, o dideoxinucleotídeo (ddNTP) é usado, ao invés do deoxinucleotídeo (dNTP).